精子畸形可以使用裴尔科密度梯度离心法。对自己的精液中的精子进行分离，通过这种方法，能够分离出活动力在Ⅲ、Ⅳ级并且形态正常的精子。在成功分离后，在进行人工授精。除减少烟酒危害、控制房事次数、保持阴囊适温、注意劳逸结合、加强身体锻炼外，还应注意生活环境，合理调整饮食。
想完全治疗好应该说基本上来说是不可能的。目前国还没有什么太好的办法治疗这种疾病。应该检查引起精子畸形的原因，根据病因进行系统的治疗，平时养成规律的生活习惯，不要经常熬夜，远离各种辐射环境，这样可以防止畸形精子的发生。
精子畸形大部分是先天性的，输精管的曲张，以及一些男性染色体方面的问题都可以导致，同时后天如果休息不好，常常熬夜，长期的抽烟喝酒以及受到辐射也会导致精子畸形，要到正规医院进行检查和治疗。
升精子质量、改善精子畸形需要补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质这三个物质。服用三个月的口嚼片来补充蛋白锌、蛋白硒和蛋白质，蛋白锌蛋白硒可以提高精子活力和精子质量，而蛋白质辅助配合能够促进精子生成，增强男性免疫力。三个月再去当地正规医院做检查，以及康复护理工作。
如果是男性因为生殖道出现了感染，而导致了精子出现异常，这个时候应该进行抗感染治疗。如果是因为男性的内分泌出现了异常，就应该是调整自身的内分泌的功能。如果是男性不想进行长时间的调整，可以用一些裴尔科密度梯度离心法，对精液中的精子进行分离，通过这种方法可以找到形态正常的精子，再进行人工授精，这也是一个办法。