子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
子宫内膜异位症有药物治疗和手术治疗两类。手术治疗主要是针对药物治疗没有明显效果且没有生育要求者行手术，术后常常需辅助药物预防复发。药物治疗主要是抑制卵巢的功能。子宫内膜异位症常表现为进行性的痛经。
治疗采用如下方法更好。保守性手术治疗：年轻、没有子女，手术时一般只将内膜异位的病变切除，而将子宫和正常卵巢组织保留下来。手术治疗：卵巢上发生的巧克力囊肿，病变体积往往较大，发生在其他部位的子宫内膜异位结节，直径在2厘米以上者，不易用药物控制，要把它切开，把里面的这个囊肿剥掉。
通常情况下，患者可以通过使用药物、手术治疗等方式进行治疗子宫内膜异位症。具体情况分析如下：
使用药物：子宫内膜异位症患者可以口服避孕药、促性腺激素释放激素激动剂（GnRH-a）、雄激素类药物（丹那唑）、孕激素受体拮抗剂（米非司酮）等。
手术治疗：年轻且有生育要求的患者，应进行保留生育功能手术；已有子女且患者年龄较大，应进行保留卵巢功能手术。
西药治疗：通常包括促性腺激素释放激素激动剂，可令异位子宫内膜组织萎缩，从而达到治疗目的。手术治疗：切除内膜异位病灶，有的甚至切除子宫、卵巢；适用于药物无效的重症者。放射治疗：通过X光等破坏卵巢组织来消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。
去医院进行手术治疗，卵巢囊肿各种年龄均可患病，卵巢肿瘤是女性生殖器常见肿瘤，有各种不同的性质和形态，其中以囊性多见，恶性变的程度很高。早期诊断困难，主要症状：下腹不适感，腹围增粗腹内肿物，腹痛，月经紊乱，压迫症状。