前列腺囊肿可以药物治疗，包括口服或肌肉注射，必要时要补充液体，用来缓解症状。细菌培养结果选择敏感的抗菌素，消灭或抑制病原菌。列腺囊肿可采用局部热疗，简便常用的方法如蜡疗或热水袋置下腹部、会阴部做热敷。
前列腺囊肿的治疗上应对症治疗，较小而无症状的囊肿可不必治疗。较大的囊肿或有症状的小囊肿可用手术治疗，途径有经膀胱、膀胱外、经会阴、经直肠等多种，常由于暴露欠佳致手术切除不完全，复发率高、并发症多。
前列腺囊肿的治疗要是囊肿小的可以保守治疗，若比较大的囊肿已经有压迫症状等，要少食辛辣，饮水过少不但会引起脱水，也不利排尿对尿路的冲洗作用，所以要适量饮水，绝对要忌酒，过度劳累会耗伤中气，不可过劳，避免久坐，不可憋尿以及防止受寒等，另外要去专业的地方进行就诊。
患有前列腺疾病不及时的治疗，会引发其他病症的发生。前列腺囊肿是不可自愈的。认为前列腺囊肿能不治自愈的病人，一定要转变认识，端正态度。目前该病比较好的治疗方法是采取手术治疗。不要拖，不要等，一旦身体出现不适，就应及时入院进行相应的检查，进而有针对性的来进行治疗。
前列腺囊肿是比较难治疗的。一旦出现前列腺囊肿，不管大小，其内侧的赘生组织也会一直发展，长时间的病变将会导致腺泡扩张，使腺管内压力增加，分泌液郁积造成阻塞，不完全或间断性梗阻，逐渐使腺泡上皮变厚，再去治疗时，病情已严重甚至恶化。