甲状腺囊肿的治疗方法如下：
1、囊肿体积在2.5厘米以下或2厘米以下，边界清晰，周围无浸润，可观察或中医及内科治疗。
2、出现严重桥本病，即慢性淋巴细胞毒性甲状腺炎，建议给予内分泌治疗。
3、持续性、多发性甲状腺囊肿患者可给予手术治疗，过程中应避免呼吸系统感染，防止甲状腺脓肿发生。
4、囊肿体积大，患者出现呼吸困难或颈动脉缺血等症状，建议及时治疗手术。
5、射频治疗是一种新的治疗方式，可以作为方案的替代，但不建议。
甲状腺囊肿微创消融术效果一般较好。
甲状腺囊肿微创消融可避免传统的手术创伤，穿刺针局部高温具有坏死病灶凝固性、彻底清除病灶的效果。手术小时短，疗效显著。甲状腺囊肿微创消融术的主要局限性是甲状腺恶性肿瘤患者只能采用微创消融术切除肿瘤病灶，不能清洁周围淋巴结。但是可能会发生并发症，如喉管神经损伤等，手术治疗结束后，出现声音嘶哑、喉上神经损伤，喝水可能出现呛咳。
一般来说，甲状腺囊肿能治好。
甲状腺囊肿是指在甲状腺中发现含有液体的囊状物。一般情况下，甲状腺囊肿属于良性病变，通常能治好。如果囊肿肿大不影响到颈部外观，或者压迫其他的器官和喉返神经，观察即可；如果特别大，影响美观，或造成身体不适，可以进行囊肿摘除术。
患者在日常生活中应当加强身体锻炼，注意保暖，饮食清淡，不吃刺激性食物多，吃富含钙质的食物，不要吃刺激和油腻的食物。
甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
甲状腺囊肿属于良性疾病，当囊肿较小时，对人体的身体健康没有影响，一般不需要特殊治疗，定期进行甲状腺彩超，甲状腺功能检查等随访。如果囊肿持续增大，出现压迫症状，或者疑有癌变，应择期慎重考虑手术治疗，术后长期以甲状腺激素替代。
甲状腺囊肿是发生在甲状腺组织的液体囊性肿瘤，若甲状腺囊肿较小，患者可无任何症状处理的较大，如2-6cm，有压迫症状，外观明显肿块，需治疗。
甲状腺囊肿主要治疗手术，结节小时可穿刺吸出液体，注入无水酒精，或进行射频治疗、消融治疗。大多数患者需用手术治疗，尤其是大囊肿。甲状腺囊肿一般不会自行消退，有时略有缩小，里面的液体可以自行吸收，少数变小，但不能完全消除。患者在治疗上主要治疗手术，尤其是合并暴发性增大病史或合并囊内出血的患者需治疗手术。