可以吃蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物，注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生，不要喝酒抽烟，定期做复查，可以配合活血化瘀药物进行治疗的。
巧克力囊肿是一种妇科类的疾病，患有巧克力囊肿会有痛经，月经不调，性生活痛。巧克力囊肿可以多吃新鲜的水果和蔬菜，不宜吃辛辣刺激性食物，清淡为主。合理的膳食搭配不仅有素，还有荤菜。肉类食物能够补充人体必需的氨基酸，蛋白质，脂肪等。
巧克力囊肿应根据病人年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求、病人的主观愿望等因素加以选择，强调个体化治疗。有生育要求的轻度病人明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术；年轻但无生育要求的重症病人可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。
注意多吃些蔬菜水果，不要吃垃圾食品，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。精神放松，保持心情舒畅，保持阴部清洁卫生。可以吃蔬菜、蛋类、瘦肉、稀饭、面条、馒头、米饭等食物。
巧克力囊肿的病人一经诊断，应该尽快手术治疗。手术治疗之后可以考虑应用GnRH-a类药物治疗，对于预防短期内复发可能有帮助作用。还可以选用其他药物，对于预防巧克力囊肿术后短期复发也是有帮助作用的。
治疗方法主要采用药物、手术治疗、激素疗法。中医可以通过中药调理，帮助卵巢恢复正常的排卵，达到正常的受孕。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，治疗期间饮食要清淡，不要吃辛辣刺激食物。
