原发性癫痫在临床上找不到确切病因，原发性癫痫多在幼儿期和少年期起病，以典型大发作或典型小发作为临床表现。在目前现有的医疗检查条件和医学诊断水平下，在脑部及全身找不到可以解释脑部病症的结构变化和代谢异常，这就是所说的原发性癫痫。通俗地说就是找不到发病原因的癫痫。
病人的父母有癫痫病，或者是含有这种癫痫病的遗传基因，当病人受到一些轻微的刺激后就会引起发病，还有病人大脑内的某些神经细胞发育不正常，这些神经细胞内外的电解质出现失衡现象从而引起病人大脑神经元异常放电从而引发癫痫。
原发性癫痫的致病原因主要有这几方面：脑损害与脑损伤，婴儿出生前在子宫内受到的损害，妊娠早期受到危险因子影响，可引起严重脑畸形；孕妇营养不良、疾病(高血压、贫血等)，感染如感冒、肺炎、气管炎、胃肠炎也可引起胎儿发育障碍；药物原因，妈妈们在怀孕期间，服用药物给胎儿脑部造成了损害，从而可能会引发一系列的先天疾病产生。
原发性癫痫有一定遗传性，与大脑内的某些神经细胞的发育不正常有关，这些神经细胞内外的电解质出现了严重的失衡的现象，从而引起脑神经元的异常放电现象。另外，免疫功能的异常也是原发性癫痫的引发的原因之一。
原发性癫痫不发病是不会疼的，如果一直感觉疼痛的话，及时去医院做详细的检查，根据医生的诊断，还有具体的情况，及时的采取相应的治疗措施，不要耽误了病情。节制烟酒，避免受凉劳累，充足均衡全面营养，多喝温热米粥，多喝温热蔬菜汤，少吃辛辣刺激。
中医认为原发性癫痫的病因在于：胎儿在母腹中时，其母受惊恐所致。恐则气下，惊则气乱，恐气归肾，惊气归心，并于心肾，则肝脾独虚，肝虚则生风，脾虚则生痰，畜极而通其发，故令风痰上涌而痫作矣。出生后，受某种因素诱发开始发作。有的可能几个月，几年，甚至几十年才开始发作的。若一直频繁发作的话，是会对大脑造成一定影响的。