排卵障碍多见于内分泌疾病，建议详查内分泌水平，明确不排卵的原因，不建议盲目使用促排卵药物，以免引发卵巢过度激发或流产，药物促排卵。排卵障碍最常用的治疗方法便是药物治疗。治疗内分泌紊乱。对有合并有内分泌紊乱性疾病的排卵障碍病人，还要接受内科的治疗，在内分泌状态相对良好的时期怀孕。
到专科医院检查，根据检查的结果，对症治疗。女性排卵障碍的原因有很多，如内分泌紊乱，卵巢的病变，以及一些全身性的疾病都有可能引起不排卵的发生。排卵障碍是常见的内分泌疾病，在不孕症中发病率可达25%—30%。其临床表现多种多样，如月经失调、多毛、肥胖、不孕等。
主要包括：人工周期疗法，用法同前。单纯孕激素治疗，用法同后半周期疗法。症状都有无排卵型功能失调性子宫出血，闭经，不孕。有无慢性疾病如结核贫血等，都可以初步推测有无可能影响排卵的病变。
针对重度多囊卵巢、巧克力囊肿、垂体瘤等引发的排卵障碍：需先采取手术治疗，再给予药物治疗或者促排卵治疗；也可以采用中药四期疗法或者是西药治疗来治疗，重度排卵障碍。
无排卵属于是排卵障碍，需要先明确都导致的原因，在对症治疗，才可以达到理想效果，造成排卵障碍的因素有：中枢神经系统性无排卵；下丘脑性无排卵；垂体性无排卵；卵巢性无排卵；多囊卵巢综合征；卵泡黄素化不破裂综合征。
有排卵障碍的女性朋友是可以怀孕的，但是受孕率会降低。如果没有进行排卵，不会有卵子的出现，从而不会跟精子相结合，那么就没办法完成自然受孕的过程。不是所有的排卵障碍都不能够怀孕，只是会降低女性怀孕几率，排卵障碍是会影响女性怀孕的，所以患病后一定要积极的治疗。针对排卵障碍的临床治疗，由于造成女性排卵障碍的原因很多很复杂，所以治疗要找准病因、对症施治、中西结合。