含氟、含抗生素、含硼砂、氯已定的漱口水都最好不好长期使用。长期使用能引起味觉改变。但是别的漱口水是对口腔内的粘膜进行消毒，所以对牙齿基本上是不会有害处或是副作用的。
会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
患有牙周炎之后经常使用漱口水确实有一定的作用，但是平常应做好口腔的清洁，而且应该把口腔里面的食物残渣全部都给清理干净，必要时可使用牙线清除，这样可防止牙菌斑的出现。因为多数的患者在出现牙周炎之后，考虑是由于牙菌斑引起的，而且在治疗牙周炎时，应及时到医院牙科诊所去除牙齿上的牙结石，然后再解决牙周炎的问题。
刚拔完牙的24小时之内，不要刷牙，也不要漱口，不然牙刷或是水流会将凝固的血块冲走。第二天也就是24小时以后，可以刷牙也可以漱口。但是刷牙的动作一定要轻柔，不能刷创伤面，因为人体凝血功能会在发挥作用时，将流动的血液凝固成血块，这些血块覆盖在伤口上，可以帮助很好的止血。
一般情况下，龋齿痛可以用氯己定漱口水。但是用漱口水并不能治疗牙疼，漱口水只能辅助保持口腔卫生。龋齿痛的原因可能有很多，包括龋齿、牙髓炎、根尖周炎等。
建议患者及时到医院完善相关检查，明确病因后进行对症治疗，改善不适。同时建议患者在平时要保持口腔部位的清洁卫生，饭后漱口。平时也要少吃辛辣刺激的食物，忌烟酒，保持充足的睡眠，少熬夜。
