小肠间质瘤首选的治疗方法是手术切除，对肿块体积较小的倾向为良性的间质瘤，可考虑行内镜下或腹腔镜下切除，但需要考虑到的是所有的胃肠间质瘤均具有恶性潜能，如果切除不充分则有复发和转移的危险。
小肠间质瘤不一定是绝症。癌症肿瘤一般分流两种良性肿瘤和恶性肿瘤。只有恶性肿瘤才是通常所说的癌症。可以到医院做一个病理检测就可以知道小肠间质瘤是良性肿瘤还是恶性肿瘤。这样也方便后期的治疗。
通常而言小肠间质瘤恶性程度较胃的恶性程度高其复发转移的几率高。手术切除后如果护理不到位，会有转移和复发的可能性。要定期去医院复查看是否有复发。同时也要按时吃药，防止复发的情况出现。需要继续服用抗癌药物并且定期去医院复查看是否有复发。同时也可以在中医的建议下，吃些中医调节下机理，恢复机理平衡。
小肠间质瘤，如果得到积极的治疗，是可以治好。一般良性的小肠间质瘤生长速度相对比较缓慢，基本不会出现淋巴结核远处的转移。如果能及时发现，进行手术切除可以完全治好，获得良好的生存期。间质瘤良恶性的分化跟肿瘤的大小有关。一般超过5cm，肿瘤逐渐出现恶变，可以认为是恶性的间质瘤。恶性间质瘤容易出现复发，甚至破裂，治疗相对比较麻烦。手术切除之后，可以服用靶向药物，也可以得到良好的治疗效果。
治疗根据手术不同术后淋巴水肿有多种情况，则采取不同治疗方法。目前公认的安全、有效的治疗方法为手法引流，根据部位不同具体手法操作不同，注意不能吃辛辣的食品和刺激性的食物，以免导致病情的加重，另外注意多吃清淡的容易消化的食品，富含维生素类的蔬菜以及水果，也能够促进病情的恢复。
包皮术后出现包皮水肿是很常见的一种现象，由于包皮环切以后末梢血液循环的重新建立需要一段时间，又由于包皮比较疏松，中间都是疏松的结缔组织，很容易引起水肿。发生包皮水肿以后可以用物理方法治疗，比如用温毛巾局部热敷，改善水肿周围的血液循环，促进水肿缓慢吸收；也可以通过热疗等方法促进水肿消退。
