软镜是通过人体自然腔道进行操作，并不需要另外创造1个通路，所以对于人体的损伤，创伤会更小。但是与此同时产生的问题就是输尿管软镜，操作空间、操作通道更小，碎石效率更低，碎石时间长，容易造成手术时间偏长，手术术后感染的风险更高的情况。
手术风险较大的情况下可以行ERCP治疗，胆总管乳头括约肌小切开对人体影响不大，因为ERCP最大的并发症就是怕胆汁反流，这种反流可以增加结石的复发率，长期刺激造成胆道恶变。
消化内镜下取胆总管结石又称逆行胰胆管取石，是一种微创手术，但有一定的风险，主要是需要在胆胰管开口处，通过十二指肠镜微创取出结石。虽然是微创手术，但对于医生来说，这是一项非常复杂的技术，操作难度较大，术后并发症较多，但相较于胆胰外科，它有自己的优势，一般恢复较快，效果较好。术后需控制消化道穿孔、十二指肠穿孔、出血、逆行感染、胆管炎、胆囊炎等并发症。
进行肾结石造影时，总的来说，风险相对较低，主要危险是部分患者可对造影剂产生过敏，由此引起患者恶心、呕吐等，浑身发痒等，一般可对症治疗，这一风险相对还较低。
一般而言，肾结石患者可经造影发现，清楚肾结石大小，肾结石位置和肾结石梗阻轻重等因素外，也能知道对侧肾脏有什么功能因此对肾结石患者行造影检查，不必格外紧张。患者可根据病情采用保守治疗，仍以手术治疗为主，据造影结果可作出明确指导作用。
输尿管软镜取石，需要住院进行，手术费为2500元-3000元。麻醉需要采用全身麻醉，麻醉费大约需要2000元，共计需要花费4500元-5000元。这只是麻醉和手术费，不包括住院期间的检查费及用药治疗、后期药物排石等辅助治疗的费用。
输尿管软镜容易出现感染甚至感染性休克，手术后需要严密观察生命体征情况，如果出现心率快血压低、寒颤等情况，需要及时告知。输尿管软镜术后第二天可以下床活动，进食软食，多喝水。不能活动过多，容易引起腰痛。术后需要复查结石情况，术后一月拔出输尿管支架管。