甲状舌管囊肿手术是普外科常见的手术，风险不是很大，一般采用Sistrunk手术方式切除。
手术时选择局麻，需要完全切除囊肿或阳痿时，切除舌骨部分完全清除囊壁或窦道，以免复发。手术的范围小，不复杂，所以所需时间不是很长。此外，术中极少出现并发症，常规术后预后良好，因此手术风险小。甲状舌管囊肿体积小，早期无明显症状，一般伴吞咽动作上下移动。囊肿增大后，可能出现压迫感、疼痛、吞咽困难等症状。如果不及时或正确治疗，可能导致囊肿合并感染，严重时可能发生语言障碍。因此一旦发现甲状舌管囊肿，尽早行手术切除治疗，一般预后效果较好。
甲舌囊肿的手术不是小手术，而是非常复杂的手术方式。
甲状舌管囊肿是先天性疾病，由于颈部受到刺激而引起囊肿包块。症状主要表现为下颌下方、颈部前正中部位有包块，包块可随着伸舌头、吞咽动作而活动，容易触摸到圆形囊状包块。颈部无痛性包块可无明显诱因，常位于颈部正中，多数位于甲状软骨与舌骨之间，随吞咽而上下活动。甲舌囊肿继发感染后会出现局部肿胀、疼痛等症状，需要进行抗感染治疗，多数甲舌囊肿需要手术治疗。
在胚胎期肺芽发育过程中出现异常的分支，其远端形成上皮细胞巢，再逐渐分化而形成囊肿，囊肿的管腔呈条索状，与支气管不通或仅有部分沟通，另—种解释认为肺囊肿的形成是在先天性肺不张的基础上，使胚胎期正常的肺结构和上皮细胞的排列发生紊乱而造成。
甲状舌管囊肿的治疗方法不做手术不行，要做手术切除囊肿或者瘘管儿，而且应该彻底，否则容易复发，手术除囊肿和瘘管外，应将舌骨中份一并切除，若仅切除囊肿或瘘管，由于舌骨中可能存在微细的副管，而从而导致复发。
甲状舌管囊肿患者一般无自觉症状，多见于1至10岁儿童，部分见于成人。
生长缓慢，质地柔软，发生在颈中心线，有时向左或向右稍倾斜，高度在舌骨上下附近。这有其特点依据，多可随着吞咽、伸舌运动上下移动。许多患者发现自己患了甲状舌管囊肿，都是通过他人、亲戚朋友发现的。但甲状舌管囊肿可感染，感染后可突然体积增大，形成疮孔导管，穿刺不透明，呈稍浑浊黄色浅粘稠液体。甲状舌管囊肿的切除必须彻底。大部分与舌骨粘连，或直接通过舌骨，需要舌骨内逐片切除。否则，非常容易复发。甲状舌管囊肿如果长期治不好，也有可能癌变。
小儿甲状腺舌管囊肿建议手术。
甲状舌管囊肿是儿童颈部最常见的先天性疾病。多数情况下在7岁前被发现，少数因无感染或增大而缓慢诊断至中老年人。其发病在性别上也没有很大差异。甲状舌骨囊肿系统未完全退化的甲状腺舌管或上皮所致，甲状腺起始基在胚胎第4周由咽前转移至颈部，然后逐渐降低形成甲状腺舌导管。治疗一般差异不大，但囊肿是胚胎期舌骨中央盲孔遗留的胚胎发生组织，主要表现为反复局部发红和肿胀。治疗方法应完全清除囊肿和疮孔导管，舌骨囊肿和中间部分完全切除。舌骨上相邻的肌肉也必须切除，才能到达舌根的盲孔，以免复发。
