巧克力囊肿的手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病通常使用的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的一般选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
腹腔镜手术是本病的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症导致的。子宫内膜异位容易导致不孕不育。主要的症状就是下腹疼痛进行性加重的痛经，不孕性交有不舒服的感觉。如果症状轻，移位的子宫内膜坏死萎缩，分娩后症状缓解也有可能治好。如果巧克力囊肿过大，应该手术治疗。
治疗巧克力囊肿如果采用药物治疗效果不好，如果是有生育要求的病人，一般采取腹腔镜手术治疗，在腹腔镜手术的时候需要保留卵巢的功能，并不能完全切除。对于生育没有要求的女性，采取腹腔镜手术室进行治疗，巧克力囊肿完全的摘除而不是剥离。
附件巧克力囊肿需要做手术治疗。如果囊肿不是很大，症状也不明显，没有明显的痛经，暂时可以保守治疗，可以口服避孕药或者宫腔内放置环。如果有生育要求，是手术治疗后进行用药，然后积极的备孕。如果仍然不能怀孕，就需要做试管婴儿。
卵巢巧克力囊肿初期可以通过手术治疗。巧克力囊肿是由于子宫内膜异位到盆腔内的卵巢、附件后，每次月经期时，异位的子宫内膜细胞也少量出血，出的血又不象子宫内的月经血有通道排除体外，而是由腹膜包裹，再出血再包裹，月复一月地积聚，其间也由腹膜吸收一部分，剩下的变成一种陈旧性积血，颜色如同巧克力样地咖啡色，因而得名为巧克力囊肿。
