可能是肛门局部刺激和损伤造成的，如经常吃辣椒、喝酒等刺激性食物会导致肛管直肠局部充血，局部抵抗力降低而易发感染。干硬的粪便擦伤肛管皮肤粘膜，腹泻患者的稀粪落在肛窦内导致肛门腺管阻塞。
肛周脓肿和肛瘘是肛肠科常见病症，二者虽有差别，但在病因与发病机理上有共性，是肛管直肠周围化脓性疾病的两个不同阶段。肛门周围出现一肿块，甚者突然剧烈疼痛、红肿发热、坠胀不适甚至可出现全身发热等全身中毒状。而结核性肛周脓肿常为慢性病，疼痛不剧烈，伴有低热，脓液、清稀色白，应与单纯性肛周脓肿相区别。
肛周脓肿最主要的症状是疼痛，疼痛剧烈，且逐渐加重。脓肿自行溃破后，疼痛暂时有所缓解。低位脓肿出现剧烈肛门疼痛。其他症状：部分出现大小便不畅、纳差、失眠。诊断依据：肛门周围出现小硬块或肿块，继而疼痛加剧、红肿发热、坠胀不适、坐卧。
低位的肛周脓肿术后刀口完全愈合需要一个月左右，期间要经常换药，要安排好时间。一般是术后一周多要每天便后换药，以后可以隔天一次，再以后隔两天一次，间隔时间根据刀口愈合情况而定。以确保刀口顺利愈合，预防肉芽组织增生过长或者肛门狭窄等情况发生。
肛周囊肿形成的常见原因是肛裂、大便干燥或用力排便等引起肛管直肠内微小损伤，肠道内细菌可经过损伤处的肛腺浸入到肛管直肠周围间隙而形成感染，进而形成脓肿。如果脓肿的位置较深，则可能有发热、乏力等全身症状，肛周部的疼痛红肿往往不太明显。肛管直肠周围脓肿一般不能自行痊愈，如任其发展，最终脓肿将向肛周皮肤或肛管直肠腔内破溃形成肛瘘。应该多吃水果蔬菜维生素含量高的食物。