子宫内膜异位症的治疗要根据患者的年龄、病情的严重程度、是否有生育需求来决定，具体的治疗方法有：
1、保守治疗：可以采用假孕术或假绝经治疗，在子宫中用药来控制女性的经期，从而达到假孕或者绝经的目的。
2、外科：现在采用的是微创技术，即腹腔镜，对病变进行全面的综合、根治性和半根治性的治疗，提高患者生存期、生活质量、怀孕率。
西药治疗：通常包括促性腺激素释放激素激动剂，可令异位子宫内膜组织萎缩，从而达到治疗目的。手术治疗：切除内膜异位病灶，有的甚至切除子宫、卵巢；适用于药物无效的重症者。放射治疗：通过X光等破坏卵巢组织来消除卵巢激素的影响，使异位的内膜萎缩，达到治疗的目的。
子宫内膜异位症有药物治疗和手术治疗两类。手术治疗主要是针对药物治疗没有明显效果且没有生育要求者行手术，术后常常需辅助药物预防复发。药物治疗主要是抑制卵巢的功能。子宫内膜异位症常表现为进行性的痛经。
子宫内膜异位的治疗药物治疗；手术治疗，年轻或尚需保留生育机能的，可行子宫内膜异位囊肿剥除术及病灶切除术为保守手术；对不要再生育的，可行全部子宫及病灶切除，保留一侧或双侧部分卵巢，术后辅以药物治疗，复发率较低；近绝经期的妇女可治好手术，行全子宫、双卵巢、输卵管切除术以及病灶切除术可避免复发。
手术治疗，保守性手术和半保守手术，前者切除病变组织，保留子宫卵巢，后者切除病变组织和子宫，保留卵巢，根据患者年龄和生育需求确定手术方式。药物治疗，年轻的女性有痛经，查体，盆腔无明显包块，给予短效的口服避孕类的药。
首先对于子宫内膜异位症，中西药治疗都是一个非常好的方法。可以采用一些激素的方法进行治疗但是长期使用激素会导致机体的一些所还对肝脏和肾脏具有损伤性。有的时候还可能出现骨质疏松的症状。子宫内膜异位症的时候要在医生的指导下进行正确和准确的治疗，早期的治疗师防治女性复发的一个很重要的条件。不及时的治疗会影响女性的身体健康。
