本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
手术治疗，手术后再辅助用药防止巧克力囊肿的复发，如果巧克力囊肿体积比较大，手术治疗是比较好的，如果巧克力囊肿体积比较小，可以暂时不做特殊处理，但是需要定期复查。
子宫内膜异位症会引起巧克力囊肿，会有明显的痛经。甚至会影响生育，可以手术进行治疗。然后手术成功以后再配合治疗妇科病。如果不治好，会对怀孕有影响。心态放松，积极治疗。
