在治疗上，可以药物和物理治疗相结合的原则。选择药物抗炎的同时，还可以用妇科物理治疗如：妇科微米波、纳米波、体外短波、宫颈光谱、红光治疗仪，以及在宫颈处直接上药等，可使炎症消除、达到治标、治本的功效。
用抗炎类的药物进行治疗。而对于那些经常反复出现炎症等原因引起的宫颈囊肿的女性，应当进行相应的手术治疗。平时的时候，也需要注意个人的卫生。在宫颈囊肿的治疗方法之中，心理治疗对于疾病治疗是很重要的。
宫颈的上皮细胞，随着体内的雌激素水平的高低会出现变化，宫颈纳氏囊肿不会影响怀孕。如果宫颈囊肿比较大或多发，或引起白带异常的症状，需要进行治疗。可以做微波、利普刀、冷冻、激光等物理治疗，在月经干净后三到七天可以做治疗，治疗以后一个月内不要性生活，治疗后要注意复查。
宫颈囊肿的情况，会出现白带异常的，在确诊后可以用消炎药物进行治疗。如果在用药保守治疗效果不理想的情况下，也可以在月经干净3-7天以后，去医院用利普刀进行治疗，治疗期间一定要注意会阴部的卫生，用消炎药物预防一下感染。
宫颈囊肿这种疾病的发病机理对于受孕没有什么影响，要说影响，应该是来自于潴留。因为宫颈囊肿因为腺体受到阻塞后，形成潴留，如果潴留越来越大越来越多，给腺体造成压迫和扩张，就会挡住宫颈口，精子通往子宫的路途被阻挡，就会减少受孕的几率，严重情况下就会产生不孕。