输尿管结石的治疗，要根据结石的大小、部位、数量、形状，一侧或两侧有无尿流梗阻、伴发感染，肾功能受损程度，全身情况有关系，当绞痛发作时，应该使症状缓解，而后再选择治疗方案。
结石是可以自己排出体外的，一般是可以从阴道插管，输尿管的病人一定要去正规的医院做插管手术，术后主要是防止输尿管粘连，其次防止血管堵住，输尿管一定要保持尿液通畅，在术后以抗炎治疗为主，保持个人的卫生清洁。
这种结石的治疗手段有很多，大部分都是采用手术的方法来治疗，效果也是非常好的，常用的排石治疗药物包括利尿剂扩张输尿管平滑肌药物，抗炎及抗水肿药物，常用的扩张输尿管药物包括，α受体阻滞剂，抗炎及抗水肿药物。
体外碎石效果不是很明显，冲击波碎石的疗效主要取决于结石的硬度，部分病患的结石硬度比较低，可以选择体外碎石，部分病患的输尿管结石比较小，但是体外冲击波碎石的疗效并不确切。
输尿管结石因为嵌顿位置不同，导致的疼痛部位也不同，如果在输尿管上段，可能是腰部疼痛，如果在输尿管下段，一般是靠近下腹，但是当排尿的过程中，如果膀胱结石进入尿道，造成尿道堵塞，会引起阴茎疼痛明显。
可以吃一些具有清热解毒，利尿通淋作用的中药，对输尿管结石的治疗也是有一定帮助。输尿管结石单纯的使用中药治疗效果就不理想，这时候大部分病人需要进行手术治疗。