本病是子宫内膜异位症的一种病变。虽然是良性疾病，却有增生、浸润、转移及复发等恶性行为。可采用药物、手术治疗。迄今为止，除手术外，尚无一种理想的治疗方法。注意休息和个人卫生，忌烟酒辛辣凉性食物，热敷疼痛部位，用些排瘀消瘤的药物保守治疗观察，定期复查。
巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血，手术治疗是好的治疗方式，药物只是可以抑制，并不能彻底的解决问题，对于巧克力囊肿，如何治疗要听医嘱，要根据个人的身体状况。
巧克力囊肿会出现痛经，痛经是巧克力囊肿最主要的症状；出现月经不调的症状；同房时发生疼痛感觉；会导致不孕症的发生；发生腹膜炎症。及时的到医院进行检查，可以把身体的病情降低到最低，危害性降到最低。
中医治疗卵巢巧克力囊肿以疏肝理气，扶正因本，活血化瘀，软坚散结，清热解毒为治疗思路。由于气血是肌体的物质基础，而脏腑为气血生化之源，分管气血的生成、统摄和运行。但中医治疗卵巢巧克力囊肿，并不是所有人都适用，具体还需要根据实际病情来看，因此女性朋友患有卵巢巧克力囊肿，一定不要盲目接受巧克力囊肿的治疗，需要去正规的医院听取专业医师嘱咐在考虑。
巧克力囊肿也能够怀孕，只是怀孕几率降低。巧克力囊肿是异位的子宫内膜在卵巢皮质内生长，形成单个或多个囊肿，异位的子宫内膜随卵巢激素变化发生周期性出血，导致周围纤维组织增生、粘连形成。如果巧克力囊肿的周围没有粘连，输卵管通畅，卵巢有排卵，就能够怀孕。如果巧克力囊肿形成的时间较长，囊肿内反复出血，输卵管卵巢周围粘连严重，输卵管伞端粘连包裹，输卵管不通畅，就不能够怀孕。
能，巧克力囊肿可以吃海带。中药采用调节内分泌，强增免疫辩证施治的方法，采用“软坚散结、活血化瘀、扶正固本”的治疗原则治疗卵巢囊肿，服药方便，见效快，费用低，愈后基本不复发，达到了治病求本、标本兼治的治疗效果。不开刀治疗卵巢囊肿，在临床上取得了很大的进展，取得了很好的疗效。
