妊娠合并生殖器疱疹的治疗方法一般有局部用药、全身用药等，具体内容如下：
1.通过局部用药可以保护疱疹的粘膜，使用生理盐水清洗阴道，使其干净、乾净。用甲紫溶液或阿昔洛韦乳膏或乳霜涂抹于病变部位，或使用酞丁安软膏。如果有明显的痛楚，可以在局部应用盐酸利多卡因软膏或口服镇痛药物，也可以将奥平的栓剂放入阴道。
2.全身用药一般建议口服阿昔韦，反复发作者应长期口服。怀孕期间要按照医生的指示服用。阿昔洛韦治出现任何其它不良反应，通常只是暂时降低嗜血因子引起的。
生殖器疱疹是由单纯疱疹病毒（HSV）引起的一种性病，得病后生殖器区域，比如肛门周围，男性包皮、龟头，女性的大、小阴唇、阴道口周围、宫颈等部位，会出现小水疱，有疼痛感，而且水疱非常容易破溃形成溃烂面，对身心健康造成巨大的影响。但这个病并不会危及生命，也不会癌变，不必过度担心。
对于生殖器疱疹的治疗，要想办法提高自身的免疫力，因为只有依靠自身的免疫能力才能吞噬掉hsv病毒，防杜绝日后的复发。愿您能够拥有健康的人生。应给予同时治疗。中医认为生殖器疱疹为肾气不足所致。在治疗上可内服补肾功能的药物。
生殖器疱疹可采用抗病毒治疗，治疗目的是缓解症状，减轻疼痛，缩短病程及防止继发感染等。生殖器疱疹是一种传染性极强的性病，通过性活动传播。从中医定性角度来看，病属于病毒性皮肤病。
一般的治疗方法，对于没有症状或者是亚临床的感染，无需药物治疗。有症状者治疗包括全身治疗和局部处理两个方面。全身治疗主要包括抗病毒治疗和治疗合并感染，选择局部的处理方法和全身治疗的方案。此外，由于生殖器疱疹尚无彻底的办法，这常给病人带来很大的心理压力。因此，针对实际情况，同时给予医学的咨询和心理咨询，以减轻精神负担。
生殖器疱疹主要是保持局部清洁、干燥。可每天用等渗生理盐水清洗，告知其性伴，取得性伴的谅解和合作，避免在复发前驱症状或皮损出现时发生性接触，或更好地采用屏障式避孕措施，以减少传染给性伴的危险性。是由hsv病毒感染引发的，传统的治疗方法只能除去表面症状，无法深入病根，杀了体内病毒，所以容易反复复发。