肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘有个别的能逐渐静止不发病，但大部分反反复复发病，需要手术治疗。肛瘘没有什么偏方，而所谓的那些微创术式也大多都是噱头。反复发病以后需要早期治疗。否则越来越复杂，导致手术切口增大。平时需要注意辛辣刺激的，避免长期腹泻，大便干结等，以免加重病情，注意此处的清洁卫生。应多吃清淡含丰富维生素的食物，新鲜蔬菜，水果，对经久不愈的肛瘘多为虚证，饮食上多吃含蛋白质类食品，如瘦肉，牛肉，蘑菇等。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。
电疗仪治疗，运用现代肛瘘电疗仪的高温物理技术治疗，利用电弧放电产生高温，对局部组织进行烧灼，以切开肛瘘达到治疗目的。冷冻治疗，适用于低位单纯性肛瘘的治疗，是利用液氮使瘘道发生凝固性坏死。继而脱落，形成新的创面而自愈。
