肛瘘的治疗方法目前普遍采取手术治疗，手术是肛瘘的唯一方法，肛瘘分为单纯性和复杂性，低位和高位，手术方式也不一样，如果是高位肛瘘需要采取挂线治疗，一次性切除容易损伤肛管直肠环而引起肛门失禁等。
现在三甲专科医院治疗肛瘘都很好，可以放心治疗。若感觉肛门直肠附近有瘙痒，胀痛甚至流脓的现象，那就可能是得了肛漏，要尽快重视起来，否则可导致排便困难，身体消瘦，贫血等。造成肛瘘的原因有肛门裂反复感染，肛周脓肿，医治肛门直肠瘘的方法有肛瘘切开术，中药治疗，瘘管填塞术等。建议得了肛瘘的患者应该尽快前往公立医院医治，平常注意体育锻炼。
肛瘘是需要医治，不治是不会自己好的，一般可以通过手术医治，在饮食方面要清淡，主要吃流食和易消化食物、可以多吃青菜和水果，平时还要注意局部卫生，多用清水清洗，还要多注意休息。
肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。