巧克力囊肿用激素治疗最有效。由于巧克力囊肿是激素依赖性的疾病，因此建议用手术和激素来治疗此病。激素治疗也被称为假孕疗法，治疗时主要是让病人出现假性闭经现象，然后按照怀孕期来用激素，使症状得到缓解，但激素治疗只能暂时缓解症状。
力囊肿是子宫内膜异位。中医认为有经血瘀阻，气滞不畅，子宫寒凉，肝肾虚弱，脾虚，血虚，湿热湿浊等有关。建议到正规医院检查确诊后针对病因进行治疗。也可以找有经验的中医辨证用中药治疗，生化颗粒等。
巧克力囊肿可以服用中医调理，然后配合针灸治疗，常取气海、关元、三阴交、阴陵泉、足三里、血海等穴治疗，一般体质可用电针，严重虚寒体质可用针上灸艾粒治疗，治疗时间以月经前即月经来前几天为主，有需要月经后也可以加强针灸。
巧克力囊肿请到妇科内分泌挂号，如果是专科医院，考虑挂女性不孕科。巧克力囊肿检查的时间是在月经完全干净7天之内。应该到正规的不孕不育医院查明病因，针对性的制定合适的治疗方案。切勿盲目治疗。以免耽误治疗时期。
出血性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃羊血、螺狮、淡菜、乌贼、荠菜、藕、蘑菇、马兰头、石耳、柿饼。感染性卵巢巧克力囊肿：饮食宜吃鳗鱼、文蛤、水蛇、针鱼、鲤鱼、麒麟菜、芹菜、芝麻、荞麦、油菜、香椿、赤豆、绿豆。
