肌腱囊肿可保守治疗，也可以手术进行治疗。
肌腱囊肿又称为腱鞘囊肿，指肌腱腱鞘或关节处的韧带发生劳损性炎症，引起局部组织膜下积液，积液量渐多，可形成囊肿。腱鞘炎主要是因为长期的紧张劳累以及不良生活方式等因素造成。腱鞘囊肿可局部压揉，有时可将积液捏碎吸收囊壁粘连即可。如囊肿较大，不只影响美观，也会带来痛苦，就必须考虑手术切除。
肌腱损伤之后，首先要明确一下损伤的具体程度，如果损伤比较轻微，积极的注意休息就可以。进行石膏固定3到4周的时间，让损伤的软组织得到充分的恢复，不要推拿按摩。如果损伤比较严重，肌腱发生了断裂，是需要进行手术治疗的。
对于肌腱炎的治疗还是采取常规的治疗比较好。但是如果治疗的过程当中加上艾灸的话，就会有事半功倍的效果。当然中医也是可以治疗肌腱炎的，可以通过热敷传统药物熬制出来的药膏，这样肌腱炎的患部就会大部分的缓解疼痛，效果十分的显著。自己平时也要经常的给患部进行热敷，缓解局部的不适感。
肌腱囊肿，在临床上可以称为腱鞘囊肿。多好发于关节部位，比如腕关节。它的治疗有几种情况，在腱鞘囊肿的初期，可以考虑给予保守治疗，可以人为的按摩囊肿处，将囊肿揉破，同时注意休息。如果经过反复的保守治疗，囊肿经常复发，这时候就要考虑给予手术治疗，即切开将囊肿摘除。手术的要点是要将囊壁切除干净，否则囊肿还会复发。要避免劳累、劳损。因为，劳累、劳损会引起囊肿的复发或者加重囊肿的病情。
通常来说，大拇指肌腱炎可以通过一般治疗、物理治疗等方法进行治疗。
1.一般治疗：拇指短期的制动，1-2个星期后，可以让肌肉的炎症慢慢的被消化，减轻局部的疼痛，让肌肉的运动能力得到改善。
2.物理治疗：通常可以通过按摩进行治疗，按摩鱼际线和大拇指肌腱，可以起到缓解局部的炎症和疼痛的作用。用另一只拇指从手掌根往上按揉，每次8-10次，每天2-4次，持续2-4次。