甲状腺囊肿的危害主要与囊肿的大小有关，小的囊肿并不会造成危害，但是囊肿比较大的时候可能会引起颈部不适，甚至压迫气管和食道，出现吞咽困难、呼吸困难等症状，所以甲状腺囊肿的主要危害在于压迫症状，同时也有可能继发感染破裂或癌变。所以甲状腺囊肿的危害比较大，小囊肿定期检查不会有太大的问题，如果囊肿比较大，可以做甲状腺手术、硬化或者射频消融等治疗。
甲状腺囊肿最有效的治疗方法是手术切除。如果选用穿刺可以将囊肿中的液体抽出，短期效果很明显，病人也没有什么痛苦，但是囊壁仍然保留，之后还有形成囊肿的可能，所以手术切除是目前对于治疗甲状腺囊肿最可靠有效的方法。
随着囊肿的逐渐增大，给甲状腺周边组织带来一定的压迫等一系列危害，可归纳为以下3种危害：
1、颈粗囊肿所致，质地一般较软，肿大明显时，颈前肿块可向前突出落下或向后压迫，导致咽不畅，咽困难，引起吞咽阻力感。
2、不同程度肿大可出现颈部淋巴结转移；此外，表现为咽不畅、吞咽时呛咳、声音嘶哑、Horne症状(病侧瞳孔缩小、上睑下垂、眼球内陷、同颞无汗等压迫症状)。
3、组织发生缺血性坏死，即形成坏死性囊肿。周围组织坏死，血管失去组织支持破裂，就会形成出血性囊肿。出现浆液性、出血性、坏死性囊肿时，囊壁多为纤维结缔组织，上皮细胞较少。
甲状腺囊肿治疗主要依据甲状腺囊肿的肿物多少、大小来决定。较小甲状腺囊肿无需治疗，较大甲状腺囊肿或者短期内迅速增大的甲状腺囊肿。由于甲状腺囊肿多数是良性，手术切除之后，一般无需再进行其它方面的治疗。但是如果甲状腺囊肿较多，甲状腺组织也进行了部分切除，可能造成一部分病人甲状腺功能减低，术后还需配合进行甲状腺激素的治疗。
甲状腺功能亢进症，需要注意忌碘饮食，避免食用海带，紫菜以及海鱼，海虾等海鲜等食物。需要高蛋白，高营养的食物。如果是甲状腺功能减退，需要注意在服用甲状腺激素类药物下避免与牛奶，豆浆类食物同时服用。