肾积水的手术治疗应早期进行。合理的应用整形手术，纠正肾盂输尿管连接部异常，争取肾功能的较大恢复。肾积水严重，肾功能破坏十分严重，而对侧肾正常者，可作积水肾切除术。侧肾积水严重，一侧较轻，可先治疗严重的一侧。以免发生肾功能不全，手术成功后可为对侧手术时增加安全性。
通常情况下，孕期右肾积水可以通过药物、手术治疗。
孕期右肾积水，如果明显的有肾绞痛的表现，可以注入硫酸镁针剂、间苯三酚针剂、黄体酮针剂缓解疼痛，并且不危害胎宝宝。与此同时，在局麻下开展输尿管置管手术治疗，将积水注入肾脏功能，可以有效的维护肾脏功能，直到不必出生后，可以进一步查验积水的缘故。如果是尿结石造成的，可以选择体外碎石、内镜下的激光碎石处理结石。
左肾积水要根据积水的多少判断，若是刚发现，肾盂不明显可以暂时不处理，观察肾积水的情况即可。
若病情进展，肾实质受压明显，要尽快手术处理，若没有明显变化，可以继续观察，手术治疗肾积水的进展也不能保证，肾盂扩张能否完全恢复。肾积水量较大时，肾实质受压较明显，要尽快手术治疗保证肾功能，若巨大肾区合并感染，要根据左肾情况判断，轻度的感染可以尽早手术，有脓肾、肾功能丧失的情况左侧肾可能需要切除。
肾结石肾积水的处理方法如下：
第一，如果是轻度的尿液，结石直径在2cm以内，可以用体外震波碎石，7个星期后再做一次检查，看有没有排石，有没有肾脏水肿。
第二，如果肾结石超过2cm，且有中等程度的积水，可以选择经皮肾镜、输尿管软镜下钬激光碎石术，首先将肾内的积水全部排出，然后再进行手术。
第三，如果是肾结石伴有严重的肾水肿，应尽快进行外科治疗，尽快排除肾内的碎石，消除输尿管阻塞，尽量保留肾的正常功能。对于肾脏结石的处理，要针对具体的病情采取相应的治疗措施。
肾积水是指胎儿时期即存在肾集合系统的异常扩张，泌尿协会定义在胎儿24周之前肾脏集合系统分离超过0.5公分，24周之后和新生儿时期超过1公分才称为肾积水。
如果右肾积水在出生之后分离不超过1公分，可以暂时不予处理，定时肾积水彩超观测肾结合系统分离的直径的大小而定，如果分离超过1个公分则达到肾积水的诊断标准，建议早期手术治疗。对于手术则是通过手术的方法解决输尿管的梗阻的部位，达到输尿管的通畅引流。
一般来说，儿小孩肾积水通常是由于先天的泌尿系统的畸形所致，经常伴有肾脏的下垂和肾盂和输尿管之间的狭小。儿童早期出现明显的尿液，或是有尿道结石、尿道感染等情况，应尽早进行外科治疗，以矫正和修补畸形的组织，尽量保存肾脏的正常组织。小儿肾脏水肿，一般不需要做外科治疗，多喝水，多排尿，预防继发性的炎症。如果是在生长期间，如果出现了积水，并且有反复的感染，那么就需要进行外科治疗，或者是将积水的肾摘除。
