有巧克力囊肿并不意味着无法怀孕。巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症囊肿，是引起痛经以及不孕不育的常见因素。如果是比较小的巧克力囊肿，临床症状不典型时可以先尝试怀孕，是有几率成功怀孕的。但是如果巧克力囊肿比较大，或者引起明显的痛经症状时，建议应该先进行手术治疗，同时在术后使用药物才能够提高术后的受孕概率。
女性由于巧克力囊肿而行腹腔镜手术，那在手术后6小时内要暂时禁食。而在6小时以上就可以进食少量流质食物，这时可以吃小米粥、米汤或者是蔬菜汤等到肠道排气以后，就可以适当进食半流质食物，同时要吃水果和新鲜的蔬菜，比如苹果、香蕉、白菜等。等到大便排出以后就可以正常进食，这时就需要吃高蛋白食物比较好，因为可以促进身体的恢复，比如多喝鲫鱼汤、排骨汤、猪蹄汤等。
会有影响。巧克力囊肿是卵巢子宫内膜异位症，卵巢是子宫内膜异位症比较常见的累及部位。子宫内膜异位症的典型表现就是继发性痛经并且渐进性加重，可以导致不孕症，比较大的囊肿需要手术治疗。
B超发现卵巢囊肿，明确告知囊肿是良性还是恶性，是否诊断卵巢巧克力囊肿，这是不现实的。b超可判定盆腔是否有囊肿，囊肿位置及囊肿内部结构，但不能诊断子宫内膜异位症。子宫内膜异位症有时很难与卵巢恶性肿瘤、结核病和炎性肿块区分开来。
伴随有巧克力囊肿，同时怀孕的情况下，怀孕对这种巧克力囊肿有抑制卵巢囊肿增大的趋势的可能性。所以如果想要继续保留这种胚胎，在怀孕期间记住要定期复查B超，来了解卵巢巧克力囊肿的情况。
如果已经怀孕了，密切关注孕酮变化及巧囊大小变化；妊娠也是对巧囊的一种治疗和控制。巧克力卵巢囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗。药物治疗包括：假孕疗法，假绝经疗法等，但只能缓解症状控制发展，停药后，即复发，故对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
