阴茎短小的治疗方法包括生理性阴茎短小，多见于耻骨联合部、会阴部脂肪较多的男性，可通过手术治疗，去除多余的脂肪，使阴茎得以延长至正常长度，病理性阴茎短小，染色体异常、克氏综合征、卡尔曼综合征导致的阴茎短小，应及时就诊，明确病因，对症治疗。
通常，阴茎短小的治疗不需要太多时间。首先，患者需要做的是了解疾病的原因并找到治疗方法。在彻底了解病因后，采用适当的治疗方法。治疗阴茎短小，只要选择正确的方法，治愈疾病的机会就会增加。
阴茎大小和个人体质遗传有关系，正常成人的阴茎在疲软状态下有7-9厘米，勃起以后大概就是11-16厘米。如果疲软状态下小于5厘米，而且勃起时小于10厘米，才能叫阴茎短小。作为大多数男性来讲，性成熟期是18周岁，基本发育就差不多了。
阴茎短小还会不会再涨是要根据个人情况来决定的。如果男性发育成熟以后，阴茎是不会再长大了，无论是使用药物、食物、理疗、按摩，都无济于事，所以不要做那些无效的尝试。对于阴茎包皮有点长，龟头没有完全暴露出来，所以无法判断龟头是否有异常，从露部分以及包皮下的龟头轮廓看，应该不是发育不良。
临床上引起男性阴茎短小的原因有，促性腺激素分泌不足的性腺功能减退、促性腺激素分泌过多的性腺功能减退、原发性小阴茎。对于前两种是可以通过激素调整的，但是对于激素调整不成功的，只能是通过外科手术了。
