导致口腔溃疡的原因首先是免疫因素，包括免疫异常或者免疫缺陷，自身的免疫功能缺陷，免疫力下降，很容易导致口腔溃疡的发生。有一些系统性的疾病，包括胃溃疡、十二指肠溃疡、糖尿病等，与口腔溃疡的发生有一定的关系，口腔内细菌感染或病毒感染的因素、遗传的因素，也可能会导致口腔溃疡。
口腔溃疡和肺火有关系的，可以服用清火颗粒和菊花茶来进行调理，也是可以注意补充多种维生素，平时要多喝水，多吃水果蔬菜补充维生素，少吃辛辣食物，避免上火，另外要保持心情舒畅避免情绪暴躁不安。
白血病可以有口腔溃疡的症状，尤其粒细胞缺乏的时候，免疫力差，容易口腔感染，溃疡。另外白血病有些化疗药物可以引起黏膜损伤，引起口腔溃疡。另外如果反复口腔溃疡，要考虑是不是自身免疫病。
长期口腔溃疡是复发性口腔溃疡，又称复发性阿弗他溃疡、复发性口疮，是口腔粘膜病中最常见的疾病。病因复杂，发病因素较多，存在明显的个体差异，目前还没有明确的说法，可能是多种因素综合的结果。
龋齿与口腔溃疡有一定的关系，比如龋齿比较大，导致牙体组织缺损，而且组织边缘比较尖锐，不光滑，这种龋齿可能会摩擦到相应的软组织，造成口腔溃疡。所以龋齿与口腔溃疡是有一定关系的，这种口腔溃疡叫做创伤性口腔溃疡。创伤性口腔溃疡是由尖锐的牙冠或者牙根引起的，与龋齿有关，要治疗创伤性口腔溃疡，需要补牙，将龋齿的外形修整，使龋齿整体光滑，如果龋齿是残根残冠，尖锐，需要拔掉。
