到当地正规的医院检查治疗，在进行肛瘘手术以后要住院观察半个月左右的时间，住院期间每天大便以后使用温热水冲洗肛门以后再进行换药的处理，有利于伤口的恢复。另外，大便以后要注意清洗肛门部位，保持局部的清洁，而且每天都要进行换药。
肛瘘检查目前主要检查靠医生的望诊（看），直肠内手指触诊，肛镜下观察直肠内部情况来确诊，但是可以通过以下几种检查方式来确诊：瘘管的造影、磁共振、B超等，有时需要多种方法来合参。
肛瘘的检查方法可以做肛门指检，肛门指检为最常见、最直接的检查方法，可触及条索状物及硬结。还有就是美兰造影，将美兰从外口打进，如果美兰由肛门流出，可诊断肛瘘。影像学检查包括B超、磁共振、肛瘘造影。手术探查需在麻醉状态下进行。
检查时在肛周皮肤上可见到单个或多个外口，呈红色乳头状隆起，挤压时有脓液或脓血性分泌物排出。外口的数目及与肛门的位置关系对诊断肛瘘很有帮助：外口数目越多，距离肛缘越远，肛瘘越复杂。其他检查应在专业医生操作下进行，包括肛诊、内镜检查、B超检查、磁共振检查等。
肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。
