每天早晨肚子疼上厕所可以使用药物等办法治疗，具体分析如下：
如果是因为慢性结肠炎，所以早晨醒来会出现腹痛的症状。慢性结肠炎会导致人体内的植物神经功能出现异常，经常刺激肠道，引起肠道应激，导致肠蠕动，出现腹痛、腹泻等症状。需要去医院做一下大便常规、肠镜等检查。可以服用四磨汤口服液等中成药。日常生活中要避免食用辛辣刺激性的食物，平时要注意腹部的保暖。
一般情况下，上厕所肚子疼可能是受凉，急性肠胃炎等原因引起的，具体分析如下：
上厕所会觉得肚子痛，首先考虑试感冒，可以通过热敷和艾灸来达到温中散寒的目的，还可以口服健胃消食片、人参健脾片、枫蓼肠胃康分散片、多潘立酮、西沙必利等。其次也有可能是急性肠胃炎、溃疡性结肠炎、克罗恩病、细菌性痢疾、直肠炎等，这就需要通过便常规、血常规、腹部超声、肠镜等检查，确定原因后才可以进行相应的治疗。
通常情况下，肚子疼想上厕所可能是正常的，也可能疾病，需要药物进行治疗。
如果肠道中有太多的粪便，那么肠胃会加速蠕动，导致肠胃痉挛。如果有良好的排便习惯，能让宿便尽早排出，就能减轻症状。当然，也有可能是因为肠胃功能失调，或是胃动力不足所致。如果是胃肠功能异常，可以服用乳酸菌素片来调理肠胃。如果是因为消化不良，可以服用吗丁啉、健胃消食片等药物进行治疗。
上厕所肚子疼可能是以下几种原因造成的：
1.急性胃肠道感染性炎症:可以见于急性胃肠炎、细菌性痢疾、寄生虫感染等,会表现出明显腹泻、阵发性腹痛、发烧、呕吐等临床表现,患者排完大便后,肠道内的炎症对于受损肠黏膜的刺激没有消除。
2.直肠疾病:如直肠炎或直肠癌等,患者会存在黏液脓血便、里急后重感等临床表现,排便后由于直肠内压力变化,会刺激到受损的直肠黏膜及神经,引发上完厕所肚子疼。
上厕所前肚子疼根据实际情况来处理。
上厕所之前总是感觉到腹部疼痛，上了洗手间后腹部疼痛减轻，或者是没有明显的疼痛，考虑肠易激综合症，一般在排便之前，肠道会自发性的快速蠕动，如果能够很快上个厕所，没有什么不舒服的感觉，但是如果没有按时上洗手间，就会造成粪便堆积在肠里，加重肠胃的负担，引起疼痛。如果经常腹痛，稍微一紧张就会引起腹痛，可以服用地衣芽胞杆菌活菌胶囊、双歧杆菌三联活菌等调理肠道菌群。
患者平时应该避免过度劳累，不要熬夜，多休息，保持环境安静和室内空气新鲜，注意防寒保暖，及时增减衣物，避免着凉。
早上肚子疼要先看肚子疼的地方，如果是在剑突之下，而且是剧烈的疼痛，可能是十二指肠溃疡，建议进行电子胃镜检查。脐周有腹痛、腹泻、呕吐等症状，需要去医院进行电子结肠镜检查。另外，女性经期不调导致的腹部疼痛也是很常见的。需要到医院的妇产科做进一步的检查。在生活当中也应当注意，不要过度的情绪激动，不要吃热性的食物，多吃蔬菜水果。
