巴氏腺囊肿的治疗通常有一般治疗和药物治疗，具体分析如下。
巴氏腺是女性生殖腺之一，主要功能是分泌粘液，润滑阴道。如果巴氏腺因为某些原因堵塞或者发炎而形成巴氏腺囊肿，不仅会影响巴氏腺的正常功能，还会对女性的生殖健康造成极大的危害。患上巴氏腺囊肿后要注意私处卫生，勤换内裤，避免细菌感染。巴氏腺囊肿感染是有传染性的，可以通过性生活相互感染，需要夫妻同治。建议在医生指导下口服头孢类抗生素或喹诺酮类抗生素等抗菌消炎药物，也可以服用妇科消炎类药物。
患者可以通过日常护理、使用药物、手术治疗等方式来治疗巴氏腺炎。
巴氏腺炎也叫前庭大腺炎，是由病原体侵入前庭大腺引起的炎症。在治疗上，急性期要卧床休息，局部保持清洁。可以在前庭大腺的开口处取分泌物做细菌培养，然后根据发现的病原体口服或者肌肉注射消炎药，也可以选用清热解毒的中药局部热敷或者坐浴，脓肿形成以后，要行切开引流或者造口术，同时要放置引流条。
一般来说，巴氏腺又叫大腺体。位于外阴大阴唇下方，腺体较小，约有豆粒般大小，两侧一，腺管较细，在小阴唇和处女膜的沟槽中开口。在性激动的时候，会产生一种油脂状的液体。一般人是无法触及到腺体的。前庭大腺体在前庭大腺管阻塞后，由于分泌物质在囊腔内堆积，从而导致了前庭大腺囊肿的发生。一般没有任何临床表现，当合并感染时，会有显著的痛苦。目前最常见的是前庭大腺囊肿造口引流术，该技术操作简便，创伤少，对正常的甲状腺功能无损害。手术后每日两次进行红外线辐射。用清水擦拭阴道，使阴道干燥。如果出现了严重的症状，必须配合抗生素进行抗菌处理。
巴氏腺囊肿主要是因为腺体堵塞导致的，巴氏腺囊肿在早期可以没有症状，到了晚期会出现疼痛的症状，巴氏腺囊肿一般下药物治疗没有太好的效果。所以中药调理效果应该是不好的，这种先去医院做检查，然后再手术治疗。
巴氏腺液是妇女从阴道里流出来的一种带有黏性的白色或透明状液体，主要是由阴道黏膜渗出液，宫颈管以及子宫内膜腺体分泌液等混合而成。形成与雌激素作用有关。正常是白色稀糊状或蛋清样的黏稠，量少，无腥臭味，但是在一些生殖道炎症，比如阴道炎，子宫颈炎或者癌前病变时，可能会出现白带量明显增多，有颜色改变以及有异味。所以要进一步的查白带常规，对症治疗。
一般来说，女性外阴巴氏腺囊肿通常需要进行外科手术治疗。
手术方法为：外阴巴氏腺囊肿。可以选择局部麻醉，也可以选择腰麻。局麻可以在门诊做，腰麻就得住院了。麻醉后，在外阴最凸起的位置切开，直至囊肿包膜完全取出，然后用可吸收的线将囊肿封闭。外阴也可以用可吸收的线进行皮内缝合，但不能拆线。手术后的消炎处理。腰麻病人术后24小时内不能下床。