巧克力卵巢囊肿一般指子宫内膜异位囊肿。通常情况下，子宫内膜异位囊肿目前为止病因还不清楚。子宫内膜异位囊肿是指卵巢内的异位子宫内膜组织周期性反复出血，形成被卵巢实质包裹的血肿，当具有活性的子宫内膜细胞种植在卵巢局部的时候，随着每次来月经异位症的病灶，在卵巢内也会出现出血的现象，患者可以通过囊肿剔除术、囊肿穿刺术、卵巢切除术等方式进行治疗。
如果囊肿发生蒂扭转，则有严重腹痛腹胀、呼吸困难、食欲降低、恶心及发热等。较大的囊肿会对膀胱附近造成压迫，引起尿频和排尿困难。一般大于5公分需要手术治疗，五公分一下保守治疗，炎症引起的抗炎治疗后会消失的，一般问题不大，属良性的。
卵巢囊肿是妇科病，需要妇科检查及超声检查看卵巢大小来决定是否手术。可以挂妇科、生殖科。如果卵巢囊肿肿块持续存在或增大，或有实质性改变，或伴有肿瘤标志物异常升高等，则卵巢肿瘤的可能性较大，应进一步检查治疗，必要时手术治疗。
左边卵巢囊肿的治疗取决于囊肿的性质，但是大部分的卵巢囊肿都是良性的肿瘤，可以通过手术治疗，如果囊肿不是很大并且是有炎症导致的，可以适当的口服抗炎药物治疗缓解症状，多吃水果蔬菜，适当进行体育运动增强自身免疫。
巧克力囊肿会引起女性小腹疼痛，痛经，性生活疼痛，阴道内不规则出血，盆腔器官黏连。输卵管阻塞，影响受孕几率，如果长期没有得到有效治疗，会引起女性贫血。巧克力卵巢囊肿属于子宫内膜异位，而子宫内膜异位是导致不孕的重要原因之一。
