肛瘘多为化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎等感染亦可所致。最佳治疗办法可以手术处理。通常术后需要半月到一月时间恢复，手术观察期间一定要注意饮食生活作息，少吃辛辣刺激的食物，少喝酒，多注意局部的卫生清洗，勤换内裤。
肛瘘手术要忌辛辣刺激，多食新鲜蔬菜水果，少食多餐。预防大便干燥，每天温水坐浴，注意局部的清洁卫生，消毒伤口预防感染。需要注意营养来改善，同时需要注意休息帮助改善。
肛瘘换药主要是指肛瘘手术后进行换药治疗，避免创面出现感染发炎或者假性愈合。由于肛瘘手术主要是清除内口以及瘘管，所以术后创面相对会比较大，创面的分泌物也会比较多。所以肛瘘换药，在排便后选择肛门洗剂或进行药物坐浴。然后选择纱条局部外敷，可以起到去腐生肌、消炎止血的作用。
肛瘘恢复在饮食是比较重要的，首先饮食是流质饮食，高蛋白，高维生素饮食，主要包括蛋类，精肉或者是蛋白粉，多吃新鲜的蔬菜水果，包括香蕉，梨，苹果等，不要吃油腻的东西。
肛瘘的术后一般需要住院10-15天左右，在住院期间大夫会给输预防感染、止疼、止血的药物，每天会清洗伤口、换药，一般术后15天左右没有明显的疼痛，这时候基本上就不影响正常的生活。根据创面的大小一般在40-45天左右的时间切口可以愈合，这时候肛瘘就可以完全治愈。
肛瘘分为高位肛瘘和低位肛瘘，大概两周到三周就能长上，低位肛瘘创口是比较浅的，大概三周左右，就能够完全好，而且饮食上也不需要禁食，不过具体的恢复时间也是因人而异的，手术后积极做好肛门护理，可以温水坐浴或者直接热敷，并多吃可以通便的食物，防止因大便不通畅影响到肛门恢复。
