羊膜腔穿刺术存在感染的风险，羊膜腔穿刺术属于产科侵入性操作，有可能会引起宫腔感染，还存在胎膜早破的风险，进行穿刺术需要穿过羊膜，进入羊膜腔以内，这样会造成羊水外漏，引起胎膜早破。
一般来说羊膜腔穿刺术是存在风险的，只是风险不大。
首先穿刺的难度是会因人而异的，所以风险也会不同与胎盘的位置、胎儿的体位以及穿刺部位的羊水量有相应的关系。穿刺术是有可能会导致子宫感染或者是流产的情况出现的，所以在进行羊腔膜穿刺术最好选择公立的正规医院，在术后是需要孕妇卧床休息的。在孕期最好是定期的进行孕检，以保证胎儿的正常发育。
羊膜腔穿刺即羊水穿刺，是在超声引导下精准定位抽取羊水检测的，主要对胎儿染色体的甲胎蛋白、核型分析进行分析，也可进行基因和酶的检测判断某些遗传性疾病。
胎儿脱落的皮肤细胞和胎儿尿液中的肾脏细胞会在羊水中出现，检测人员抽取羊水后，经过培养、染色、离心、读片等处理过程，取得胎儿的染色体核型，另外还会对羊水进行甲胎蛋白检查。羊膜腔穿刺约有1/250~1/300的概率会发生各种风险，意味着每1000次穿刺中有3-4次可能发生危险，检查手段是安全的。羊膜腔穿刺失败一般是因为流产、出血、感染、胎儿损伤、羊水渗漏、子宫肌瘤、子宫畸形、腹壁太厚、羊水量少、胎盘位于子宫前壁等原因或因各种原因导致羊水细胞培养生长不满意或没有生长导致的，无法得出准确结论。
做羊膜腔穿刺术会伤胎儿。做羊膜腔穿刺术有一定的概率会损伤月齐带、胎盘、胎儿偶可发生脐带或胎盘血肿，或刺伤胎儿引起出血。若穿刺出血性羊水，应鉴别来自母体亦或胎儿，注意监测胎心，所以还是不要轻易手术。
孕妇排空膀胱以后，平卧手术床上，根据怀孕月份的不同，找到具体的穿刺部位，然后消毒铺单子，用穿刺针先刺入羊膜腔内抽取羊水后，再向羊膜腔内注射准备好的药物。注射完毕，可以暂时观察，24-48小时发动宫缩，宫颈口开全以后胎儿胎盘娩出。
