没有治疗脑积水的特效药，一般轻度脑积水应先试用非手术治疗，以脱水疗法和全身支持疗法为主。手术治疗适用于脑室内压力较高或经非手术治疗失败的病例。严重脑积水需要手术治疗。
脑积水的原因比较多，有正常颅压脑积水、梗阻性脑积水、交通性脑积水。可能是脑脊液循环通路障碍，或者脑脊液分泌过多、吸收过少等各种原因导致。如果有梗阻，就要解除梗阻，看是不是占位性病变导致的梗阻，如果是占位性病变导致的梗阻就要去除。如果是正常颅压脑积水，就要做脑室腹腔分流手术，把脑脊液引流到腹腔，减轻这些症状。
病因治疗：主要是针对引起脑积水的原因进行处理，例如切除引起脑积水的肿瘤，清除引起脑积水的血肿，摘除引起脑积水的脑囊虫等方法；脑脊液分流手术：手术目的是建立脑脊液循环通路，解除脑脊液的积蓄，兼用于交通性或非交通脑积水。
在怀孕期间由于孩子胚胎正常发育，在脑部有点脑积水残留也是正常，在出生后，随着孩子后续的脑部功能日趋完善，有轻度的脑积水可以正常恢复的。随着孩子正常发育，脑部排泄器官都发育完成是可以正常进行排除。
胎儿脑积水的治疗方法，主要是根据胎儿积水量进行判断。
侧脑室的宽度在10mm以下，一般不需要进行手术，只要定时检查即可，否则会自动消失。侧脑室的宽度大于10mm，但不大于15mm，要进行DNA检测，也可以进行羊膜穿刺。
如果有大量的积水者，比如出现了侧脑室扩大的情况，就需要进行侧脑室的腹腔分流。如有颅内硬膜下积液，建议行硬膜下腹腔分流术。
如果胎儿脑积水较轻，小于1CM,部分可自然消退吸收。如不完全退行，则可在胎儿出生后经处理及分流手术根除。
如脑积水较重，在一般情况下，对于胎儿智力及发育都有一定影响，因此，提示应及早预防及确诊胎儿。建议孕妈妈多吃一些含蛋白质食物，补充蛋白粉、以及各种营养成分如复合微量元素，提前防止宝宝脑积水。主张孕妇要做好自我防护工作，经常进行胎儿排畸筛查工作，预防弓形虫病毒感染，避免婴儿脑积水。
