复杂肛瘘手术的成功率大约在50%左右。有2-3个内口或者更多内口，外口也可能有两到三个。外口和内口约多，手术也就越低复杂，成功率也随之下降。复杂肛瘘手术的成功率大约在50%左右。
不高。是沿着外口窦道而寻找到内口即感染源。内口位置多种多样，是位于齿状线相对应处，有时肛瘘处于急性期，内口不容易找到，术后有可能会出现复发。如果通过外口顺利找到内口，并且完整的切除内口、外口以及窦道组织，肛瘘手术复发的机率比较低。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
可以每天适当下床活动，如缓慢行走，有利于伤口的渗出分泌物流出来。术后半个月，对低位单纯肛瘘手术，创面不大的患者，可到户外散步、打太极拳、做深呼吸运动、练气功、做体操等。
肛瘘挂线是治疗肛瘘的一个比较传统和简单的办法，这种办法的原理是用异物刺激瘘道内的肉牙组织增生，它有一定的复发率。现在主要是基层医院在做这种手术。现在提倡连瘘道一起手术切除。所以，如果以后肛瘘复发，建议就到大点的医院去把瘘道一起切了。线自动脱落时间为10天~15天，创口愈合时间10天~26天。
