口腔溃疡的治疗主要是促进愈合，减少复发。促进愈合的治疗，主要有两个方面，一是预防感染，可以含漱抗感染的漱口水。二是促进黏膜修复，局部应用生长因子喷雾剂贝复剂，副作用较小效果好。特别是深大溃疡，长期不愈合的效果肯定；促进黏膜修复也可以局部应用激素，激素副作用较大，不能长期使用。减少复发，主要是西药调理免疫功能，中医中药辩证调理。局部减少创伤，防止形成溃疡。
口腔溃疡癌变比较严重，可能会表现成口腔溃疡还有癌性溃疡。手术只能切除看得见的肿瘤，对于残存在血液和淋巴中的癌细胞无能为力，所以术后也要做好巩固治疗，以防复发和转移。
在使用口腔溃疡贴片之前，需要先将口腔内的唾液吮吸吞咽干净。然后将手洗干净，拿出一片溃疡贴片，用手指蘸少许唾液，将贴片背面沾在手指尖处。对着镜子，将贴片轻轻置于创口处。手指轻压患处10-15秒，使贴片粘牢，不须取出，直至全部贴片溶化。
孕期严禁使用抗生素等治疗方式，以免引发早产、流产等。口腔溃疡并不需要较复杂的治疗程序，孕妇口腔溃疡需及时到医院就诊，由医生评估后选择合适的治疗方法。口腔溃疡的治疗以外用药和局部用药为主，基本不会透过胎盘进入胎儿体内，不会影响胎儿的健康。
出现口腔溃疡，是身体里面所缺维生素b导致。在出现口腔溃疡的时候，可以服用一些维生素b2，或者是把维生素b2贴到伤口上，这样对于缓解口腔溃疡有非常不错的好处，平时可以多注意饮食上吃一些含有维生素的东西，对于缓解或者是预防口腔溃疡，都有非常不错的作用。
