可以通过手术到达良好的治疗效果的，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，利用咽侧组织瓣缩小咽腔宽度，以改善腭咽闭合。也可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，延长软腭，将错位的组织结构复位，以恢复软腭的生理功能。
治疗的方法有修复腭裂手术的治疗基本原则是延长软腭，闭合腭咽，恢复正常吞咽和发音功能。还有原则治疗的方法，明显提高大龄患者的腭咽闭合率，对腭隐裂的患儿可严密监护，只有当出现喂养、听力或语音问题时才考虑进行腭裂的修复。
唇裂比较严重，腭裂是指患儿口腔里的上腭部(俗称天堂或上堂)出现裂隙。轻者仅表现为软腭部的悬雍垂(俗称小舌头)裂开，严重者则表现为从软腭到硬腭的整个腭部裂开。
治疗唇腭裂要进行手术治疗，唇腭的整形手术可能要分多次完成，寄希望于一次手术即可成功是不现实的。唇腭裂要初步诊断病患程度如何，要尽早治疗，按照序列治疗的程序进行治疗。可以利用裂隙邻近组织瓣封闭裂隙，以恢复软腭的生理功能。也可以利用咽后壁组织瓣增加软腭长度，以改善腭咽闭合。唇腭裂疤痕修复手术具体方法是将异位的口轮匝肌复位，恢复肌肉的连续性，达到功能性修复。注意唇裂疤痕修复的正常高度，人中居中，上唇两侧对称。唇裂者常伴有鼻部畸形，应同时矫正鼻小柱偏斜，增加鼻小柱高度，矫正鼻翼塌陷，恢复鼻孔基本对称。
目前唇腭裂的治疗效果还是不错的，分五个阶段，一个接一个的进行治疗，术前治疗。医生注册的目的是便于长期随访。同时，进行了一次全面的身体检查，向儿童的亲属通报了手术中的一些注意事项。第二，唇裂修复手术。第三，腭裂修复手术。第四，术后治疗。大多数人在手术后六个月检查发音，并做更多的发音训练。第五，治疗颌面部继发性畸形。
治疗的方法有可以通过手术而获得良好的预后效果，但前提是必须按照序列治疗的程序进行治疗。还有原则治疗的方法，腭裂的治疗是一个复杂的过程，需要口腔颌面外科、整形外科，口腔正畸科，语音训练科，精神及心理科等多方面的专家共同协作才能取得满意的效果。
