染色体异常一般没有办法治疗，临床当中只能对症处理。染色体异常一般包括染色体数目的异常以及结构的异常。妊娠早期肌瘤流产或者胚胎停止发育，大多都是由于染色体异常所引起的。对于生育期，夫妻双方若存在染色体异常，出现先兆流产的情况，一般不建议盲目的保胎，因为即使保胎成功，胎儿也可能存在身体其他畸形。对于染色体异常的患者，可以常规去遗传科进行详细咨询，依照临床医师指导选择性的怀孕。
男性染色体异常主要和生育有一定的联系。具体要看是哪一种染色体异常，然后才能作出判断。从生育科角度来判断，可能是一些短臂或者是其他的异常，从而会导致染色体结交以后引起胎儿畸形或者是精子的质量发生了改变。
孕妇染色体异常会影响到胎儿。
如果孕妇检查时发现存在染色体异常的情况，则需要在怀孕18周后，到医院进行羊水穿刺检查来查看胎儿的染色体情况，进而判断胎儿染色体是否异常，如果存在异常最好及时终止妊娠。因为孕妇存在染色体异常，就可能会将异常的染色体遗传给胎儿，进而引起胎儿畸形的可能。
建议孕妇在孕期定期进行产检，防止胎儿发育出现异常。
先天性睾丸发育不良综合征是男性最常见的染色体异常。因为97%没有精子的病人是不孕的。雄激素治疗从11岁到12岁开始。可能会错过治疗期。建议做精子测试。看看精子的活动性。如果精子的活动度超过40%，就有可能有生育能力。多吃些锌补充剂。
染色体异常目前没有什么好的办法来治疗，如果要生育有导致后代异常的可能性非常大，孕育的孩子、1/4发生流产，生存的子女中，先天性愚型儿、遗传病携带者、正常儿各占1/3，所以试管婴儿比较好。
