无论是高位还是中位闭锁都需要进行手术治疗，这也是治疗的唯一途径，术后如果排便功能正常就代表手术成功。为了保证安全与效果，术后注意卫生，预防感染，注意规律、合理、清淡饮食，多吃水果和蔬菜，忌食辛辣、刺激、油腻、生冷的食物。增强体育锻炼，提升自己的免疫力。
肛周脓肿一般的是只要是有污染的情况就会导致局部的复发，导致瘙痒及化脓。及时去医院进行肛肠专科的检查，并行包囊的切除就可以的。术后以抗炎治疗为主，要保持清洁卫生，平时多吃有营养的食物来促进恢复的。同时要注意平地的休息时间，让宝宝多些休息，补充适当的维生素。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
对先天性肛门闭锁的治疗，均以手术为主。手术有腹会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或低位锁肛：常规消毒，不用局麻也可，只要将会阴部皮肤切开，稍加分离，然后进行扩张，就可以治愈。肛门闭锁的患儿没有排便反射，需要术后不断训练，养成良好的排便习惯。
肛门闭锁又称低位肛门直肠闭锁，确诊后应尽早行手术治疗，一般施行会阴肛门成形术，也可采用骶会阴肛门成形术，可以遗留肛门狭窄，建议定期扩肛。这是一种先天发育性畸形，应该不具有遗传性，除非有家族性的遗传病史。
