胃底间质瘤与癌症是两个不同的概念。所谓间质瘤是原发于胃黏膜下的肌肉层交界性肿瘤，那么根据肿瘤大小以及其核分裂象通常分为良性间质瘤和恶性间质瘤。对于良性间质瘤通过手术切除就可以达到治愈。恶性间质瘤通过手术切除以后，并定期复诊。而胃癌通常需要手术根治切除，并术后配合化疗。
如果是良性的，手术以后就能治愈，不会影响正常的寿命。如果是恶性的，大多都容易复发，不能切除者生存期大约在9~12个月左右，原发灶切除彻底无转移病灶者最长可存活5年左右。
胃间质瘤良恶性鉴别根据低度恶性，如直径为几毫米的胃间质瘤，通常判断为低度恶性或趋于良性，此类肿瘤往往只需定期检查；还有中度恶性：若肿瘤直径达到2-3cm，则判断为中度恶性，此时需通过手术进行治疗。其次是高度恶性：若肿瘤达到5cm以上，则为高度恶性，需及时进行手术治疗，以防危及生命。
胃间质瘤不属于癌症，而属于肉瘤，并且具有潜在恶性。胃间质瘤的恶性程度，需要依据肿瘤的大小和病理组织进行判定。胃间质瘤的恶性程度可以决定其治疗方式，主要以手术和术后辅助治疗为主。
胃间质瘤首先应该考虑选择手术切除肿瘤这样的治疗方案，手术方式主要采用胃楔形切除术。该手术方式适用于肿瘤位于胃底、胃体部位，且肿瘤突出于浆膜，肿瘤直径在1.0cm～3.0cm。
