对于唇腭裂患者的最佳手术时间，原则上是越早治疗越好。唇裂手术在患者机体免疫力健全的情况下，最早可在出生后24小时内手术，也可在出生3个月后，因为这时不仅婴儿的免疫力较强，可以耐受感染，而且这时机体的组织细胞也都很幼稚，不易形成瘢痕，为术后畸形恢复，创造良好的条件。而腭裂手术最早也要在婴儿出生后6个月以后进行。
软腭裂手术的成功率是百分之八十，新生儿的组织单薄，机体抵抗力低，经不起手术打击，所以不主张此时手术。最好的时机是6-9个月，此时有一定抵抗力，门齿已萌出，及时手术还可避免上门齿外突畸形。事实证明术后恢复也快。腭裂手术时间要再晚些，为病儿口腔太小时手术进行困难，但最好不得迟于5岁。
腭裂手术的最佳时间是在8个月左右手术。没有严格意义上的标准，它取决于多方面的因素，体质比较正常而裂隙并不大的孩子，建议8个月左右手术；对于发育比较好的孩子，而且裂隙又特别微小，可以提前到6个月进行手术；而对于裂隙很大体质又比较差的孩子，会延期几个月，但是要求孩子在1岁以前完成腭裂手术的修复。
腭裂手术后不会立即改善发音的，只是对发音训练提出了改善，可以慢慢的训练，进而达到清楚发音的现象。先天性腭裂手术，第一次手术只是消除裂口，如果要改善说话，还需进一步手术治疗。
主要是方法是手术治疗。治疗目的是为了恢复上唇正常形态和正常的语言功能。目前国内外公认唇裂手术时间为生后3个月。腭裂为生后18个月。本病有一定的遗传性，预防的关键在怀孕的前三个月应该避免服用镇静类和抗癫痫类药物。
对于唇腭裂的原因来讲，引起发育和综合障碍的确切原因或发病机理现在尚未完全明了。大概通过实验和流行病学的观察以及调查结果，可分为多种因素影响的，而非单一因素所致。一般包括遗传因素和环境因素两个方面，并与营养、遗传、环境、内分泌等因素有关。
