肾脓肿的治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct的引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。不需要特别处理，动态复查。由于这种疾病是一种良性病变，所以在它很小的时候不需要特别处理，一般来说，在4厘米以下可以动态的复查，每三个月到半年复查一次双肾的彩超或CT就可以了，复查过程中如果没有明显的增大，仍然不需要特别处理。
对于比较严重的肾囊肿患者，那这是可以采取手术治疗，不过需要注意的是手术治疗，这只是适用于单侧肾囊肿患者，一般情况下单肾囊肿，可以在引导下做穿刺抽吸并向囊中，内注射药物即可治疗。只有在必要时才做手术切除的，毕竟囊肿损害肾脏的情形罕见。一般情况下饮食作为一种辅助治疗的手段，效果是比较好的，但是针对不同的患者，饮食一定是要合理的选择，宜食含优质蛋白质高的食物，注意高纤维、高维素食物的补充及低脂肪，适当的糖饮食。避免辛辣、过咸、油腻、煎炸及不卫生饮食等，遵医诊治并做好复诊。
超声穿刺治疗，利用超声引导，准确定位，抽洗完脓液，再注入药物，可以避免手术创伤给患者带来的痛苦，缩短病程。对症治疗，发烧给予退烧药，有膀胱刺激症状的，可采用碱性类药物，降低酸性尿液对膀胱的刺激，解除膀胱痉挛。
肾脓肿的常见治疗方法是：进行抗生素静脉输注，有望将肾脓肿进行局部吸收，如果在使用抗生素的情况下，脓肿仍然扩大，并没有被吸收，可以B超或者ct引导下脓肿穿刺引流以及手术切开引流。早期肾穿刺造瘘鵻，充分引流，观察肾功能恢复情况若肾功能恢复鵻，则矫治梗阻；若肾功能鵻不能恢复，且对侧肾功能良好者，应行患侧肾切除术。
治疗肾脓肿大约1万-3万元左右，医院的不同收费标准也就不同，患者的病情不一样，治疗方法也是会有差别的，目前以腹腔镜下开窗引流为最佳治疗方案。具有创伤小，恢复快，对周围器官影响不大特点。建议腹腔镜手术治疗。需要准备两万元资金。一般术后五天左右就可以出院。平时注意多喝水，戒烟戒酒，多吃新鲜水果和蔬菜。
治疗肾脓肿需要花1万元-3万元左右。日常生活中要注意预防感冒，感冒了也要及时治疗，避免恶化。摄取过高的蛋白质会导致慢性肾病发病及复发加重。日常生活要节制饮食。
