如果脱肛继发于便秘、腹泻等疾病，就要积极治疗这些原发病，原发病治好了，脱肛多能好转。治疗期间不能蹲位排便，要立位、侧卧位或仰卧位排便，小婴儿可直着腿把屎把尿，大孩子可坐高盆排便，就是把便盆放在高椅子上拉屎。如能坚持1~2个月，多数脱肛可以治好，如改变排便方法后脱肛未愈则可行手法复位，用纱布折成厚垫，压住肛门，用粘膏将两臀拉紧粘牢，令小儿卧床1~2周，坚持卧位排便，多可治好。
脱肛的原因有好多，长期便秘造成的，还有直肠息肉，肛乳头肥大，痔疮疾病导致的脱肛，营养不良小儿，坐骨直肠窝内脂肪消失，使直肠失去周围支持固定作用，括约肌群收缩力也减弱，直肠容易自肛门口脱出。妇女多次分娩骨盆肌肉松驰等引起的脱肛。
外治用中药熏洗，外敷以收敛固涩；针灸益气固摄，增强盆腔内张力，增强对直肠支持固定作用；注射硬化剂可使直肠与周围组织或直肠各层组织发生粘连固定，使直肠不再下脱；结扎术可扎除部分脱垂之粘膜，并人为形成疤痕，产生粘连固定支持作用。现代医学用经腹直肠悬吊固定术，效果并不稳定，且手术操作复杂，约有20%复发；盆底重建术，手术复杂，并发症多。
治疗脱肛的快速方法是手术治疗，自觉下坠感、腰痛、排便困难的重症病人，应选择手术治疗。可行经肛门缝合修补术、经阴道修补术、经会阴修补术、经腹修补术、经肛门吻合器直肠切除等治疗。
一般以非手术治疗为主。保守治疗无效，痔脱出严重，较大纤维化内痔、注射等治疗不佳，合并肛裂、肛瘘等时采用手术治疗。平常要注意少做一些增加腹压的动作，包括排便时间过长，经常蹲起。
