如果结石的直径＜0.6cm，有一部分输尿管结石是可以排除体外的，如果结石＞0.6cm，建议进行体外碎石或者输尿管镜的手术。体外碎石也叫冲击波碎石，但是一定在B超或者X线能够把结石的位置明确以后，才可以进行碎石治疗。如果结石的位置不是很明确，可以微创手术，通过一个输尿管镜直视看到结石以后，通过激光或者气压弹道将结石击碎，然后排出体外。
输尿管末端结石一般小于0.6cm，结石光滑，输尿管无畸形狭窄等情况，可以通过应用药物，同时注意多饮水，保持每日尿量超过2000ml，平时多运动，协助结石排出。大的结石，不容易自行排出，可以行输尿管镜联合钬激光粉末化碎石后，小碎石经尿液排出。
肾结石输尿管结石，均为上尿路的结石，根据结石的性质，形状，大小，部位不同，治疗方案是有很大差异的，如果结石比较小，小于0.6厘米，没有泌尿系的感染，没有泌尿系梗阻的情况，可以先口服排石汤等进行保守治疗，如果结石小于0.4厘米，90%是能够自行排出的。
输尿管肿瘤，要做整个肾脏输尿管全长和膀胱切除，左侧就做左侧膀胱，右侧就做右侧膀胱的部分切除，这样肿瘤的治疗就比较彻底。但是还是到正规的专科医院进行检查，根据自己的病情来选择合适的治疗方法，以达到良好的治疗目的并减少肿瘤复发的可能性，实现彻底康复。
一般情况下，小儿膀胱-输尿管反流综合征的治疗方法有药物治疗、手术治疗等。
1、药物治疗：轻度患儿使用持续性头孢克肟、青霉素等口服治疗，中度及重度儿患首先给予大剂量药物，感染控制后给予持续小剂量口服，可用敏感的抗生素，预防尿路感染的复发。
2、手术治疗：用改良的Lich-Gregoir法手术治疗膀胱输尿管返流，术后患儿症状均消失，手术效果良好，无输尿管狭窄等并发症发生。
输尿管肿瘤唯一的治疗金标准是半侧泌尿系切除，也就是输尿管癌治疗术，目前国内比较领先的技术是腹腔镜下的输尿管癌治疗术，且比较成熟，腹腔镜下一次手术成型，后期行随访治疗检查影像资料显示预后良好。术后需要2个月到半年定期做影像资料检查，或者行尿脱落细胞检查，如果均为阴性才比较安全，择期还需要行膀胱镜检查，膀胱镜下可以发现膀胱内比较隐蔽的病灶，这样不会漏诊。
