对于脑炎的患者来讲，疼痛的部位因人而异。
这种疼痛可能来自整个头部，也可能来自后枕部、双侧颞部和前额。所以并不能根据疼痛的位置来判定是否得了脑炎。脑炎最主要的症状就是痛苦，这与颅内的气压增高以及对大脑的刺激有关。还会有恶心、呕吐等表现。此外，还会导致一些严重的病人出现了认知障碍，从而导致癫痫的发生。老年人要做好脑电图、颅脑核磁共振、腰椎穿刺等检查，明确病因，早期使用抗病毒的药物。
如果头顶疼的同时伴有发烧、喷射性呕吐，甚至是抽搐，这样可能是脑炎，需要做脑脊液检查确诊。如果头顶疼的同时伴有头晕、心慌、气短、乏力、胸闷等，可能是心脏或心肌损伤引起的大脑供血不足引起的。如果怀疑是脑炎，也需要做脑炎的相关检查的。
如头痛严重者可用止痛药。抗病毒治疗可明显缩短病程和缓解症状，兴奋激活神经才能再生修复病灶，阻止病情复发，恢复最佳的神经功缓解痉挛疼痛，获各种功能早日康复。
脑炎患者若有头痛，一般常有全头部和额部疼痛较常见，但究竟是哪一部分，还要根据病人具体病情而定。
对于患有急性脑炎或者亚急性脑炎的患者来说，主要就是由于受到病毒感染而引起的疾病。通常脑炎的病因有多种病原体，如真菌，细菌等、病毒和其他感染引起中枢神经系统的炎性反应，则有些病人常有颅内压升高现象，以头痛、恶心、呕吐为特征的病例。另外一部分患者则是由于其他因素引起脑部受到损伤，例如肿瘤或者外伤等，所以这类病人常常出现额面部和枕部处的胀痛不适，并且持续时间较长。这类病人通常有此额部和全头部胀闷不适较多，然后病人就会由于有了这样的头疼，常使病人产生焦虑和抑郁情绪，影响病人睡眠，头疼的病人这类通常持续时间较长，而有些病人一旦疾病发展，有此持续性症状加剧时，具体哪一个地方疼痛，通常要观察病人病变在什么地方，还要根据病人具体情况而定。
脑脊液用于检查脑炎，主要是腰椎穿刺。它经常被用来检查脑积液的性质。一般它最适合于髂后脊柱和后中线的连接处。当局部注射麻醉药品被刺穿时会有一点疼痛，但一般病人可以忍受。手术后的病人躺在枕头上休息4-6个小时，以避免手术后引起头痛。
