当口腔溃疡严重时，如果用牙刷刷牙，可能会损伤溃疡处的伤口，加重溃疡的程度，延长溃疡愈合的时间。因此，在口腔溃疡期间，最好的口腔护理方法是用漱口水漱口，因为漱口水有助于抑制口腔中的细菌并加速愈合。
会造成口干，灼热，长期使用治疗性漱口水容易使牙齿及口腔黏膜表面着色，使味蕾的味觉降低，并抑制唾液的分泌，造成口干，灼痛等不适症状。因此药物性漱口水需要在指导下有选择地使用，不能自行长期使用。
口腔溃疡又称溃疡性口腔炎，是一种常见的口腔疾病，多数由病毒和细菌所致，与不良的口腔卫生习惯、遗传、食物及情绪紧张等有关系。对口腔溃疡的护理最重要的是注意口腔内的清洁，消灭那些导致口腔溃疡的细菌，同时要保护伤口。在口腔溃疡时期，比较好的口腔护理方法是用漱口水漱口，因为漱口水可帮助抑制口腔内细菌，加速痊愈。
漱口水可以缓解口腔溃疡的症状，出现口腔溃疡，要养成良好的饮食习惯，不要吃一些油腻刺激类的食物，也不要吃一些辛辣烧烤类的食物，会加重口腔溃疡的症状，口腔溃疡一般是由于维生素缺乏导致的，可以口服维生素来增强身体的抵抗力，也有助于口腔溃疡的愈合。
患有牙周炎之后经常使用漱口水确实有一定的作用，但是平常应做好口腔的清洁，而且应该把口腔里面的食物残渣全部都给清理干净，必要时可使用牙线清除，这样可防止牙菌斑的出现。因为多数的患者在出现牙周炎之后，考虑是由于牙菌斑引起的，而且在治疗牙周炎时，应及时到医院牙科诊所去除牙齿上的牙结石，然后再解决牙周炎的问题。
用漱口水口腔有刺痛感，一方面是本身口腔内可能有伤口的存在，或者有黏膜炎症，所以会比较敏感疼痛；另外一方面就是漱口水的刺激性比较强，浓度比较高，所以也会刺激粘膜，导致粘膜的不适。
