多数先天性肾积水经过适当的治疗，是存在治愈的情况的。
先天性肾积水属于先天性发育不正常，需要积极配合手术治疗，是有机会治疗痊愈的。肾积水是由于泌尿系统阻塞导致肾盂和肾盏扩张，尿液潴留。由于肾内尿液积聚，压力升高，肾盂及肾盏扩大，肾实质萎缩。肾盂输尿管交界处梗阻是肾积水的主要原因。建议日常家长多以清淡饮食为主，通过母乳喂养的婴儿可以有效帮助病情的恢复，避免食用过于刺激的食物。
小孩轻度肾积水通常可以通过手术进行治疗。
肾积水是泌尿系梗阻引起的一种继发病变，是泌尿系结石最常见的一种继发症之一。轻度肾积水应考虑患者年龄、身体各方面功能情况，对尿路梗阻所致肾积水应行手术切除梗阻部位或消除狭窄，再进行再接，以保持输尿管通畅。肾积水应根据病因、发病率、严重性、感染、肾功能损害、年龄、心肺功能等综合指标来治疗。
左肾积水要根据积水的多少判断，若是刚发现，肾盂不明显可以暂时不处理，观察肾积水的情况即可。
若病情进展，肾实质受压明显，要尽快手术处理，若没有明显变化，可以继续观察，手术治疗肾积水的进展也不能保证，肾盂扩张能否完全恢复。肾积水量较大时，肾实质受压较明显，要尽快手术治疗保证肾功能，若巨大肾区合并感染，要根据左肾情况判断，轻度的感染可以尽早手术，有脓肾、肾功能丧失的情况左侧肾可能需要切除。
一般来说，儿小孩肾积水通常是由于先天的泌尿系统的畸形所致，经常伴有肾脏的下垂和肾盂和输尿管之间的狭小。儿童早期出现明显的尿液，或是有尿道结石、尿道感染等情况，应尽早进行外科治疗，以矫正和修补畸形的组织，尽量保存肾脏的正常组织。小儿肾脏水肿，一般不需要做外科治疗，多喝水，多排尿，预防继发性的炎症。如果是在生长期间，如果出现了积水，并且有反复的感染，那么就需要进行外科治疗，或者是将积水的肾摘除。
治疗主要得根据输尿管狭窄段的长短，以及狭窄的病因来治疗。如果输尿管的狭窄段很短，不超过2cm，比如肾盂输尿管连接部先天性狭窄，或者输尿管的膀胱入口处，因为各种原因导致的狭窄，狭窄段如果不超过2cm，可以进行腹腔镜下微创手术。
先天性肾积水不能自愈。一侧肾积水，另一侧肾功能会明显变强，能满足机体需要，如果双侧先天性肾积水，血肌酐明显升高，要进行输尿管的支架术或者输尿管的手术，改善输尿管狭窄，防止肾功能受损。
