引起巧克力囊肿的原因主要有忽略经期卫生，妇科手术操作，经血逆流，内膜种植，浆膜上皮，化生内膜，血液淋巴，良性转移。对有生育要求的年轻妇女一般采用药物治疗。症状较重，经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术。
巧克力囊肿的早期症状是痛经，且呈进行性加重，有的也可没有症状，是由于不孕症，去医院检查时才发现的。巧克力囊肿的症状主要是月经量多、痛经、腹部包块，尤其是会出现性前时疼痛出血。
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢部位发生的一种病变，会出现腹痛和痛经，应及时到正规的医院检查和治疗，在治疗期间要注意少食辛辣食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
巧克力囊肿是由内分泌因素引起，这是常见的病因。卵巢虽小，却是产生卵子并排卵、内分泌激素、平衡内分泌的重要，囊肿多发生于内分泌旺盛的生育年龄，所以认为与内分泌失调有关。也可能因长期久坐造成，由于长期久坐或姿势不佳，月经前及月经期常有剧烈疼痛，导致经血逆流入输卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厉害的经痛，此即所谓巧克力囊肿。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，被称为巧克力囊肿，因为含有长期沉积的血液呈褐色，像浆糊和巧克力。子宫内膜异位症的发病机制仍不确定，可能是由以前的异常妊娠行为引起的，如流产和异位妊娠。也可能是由精血回流等因素造成的。
