想要诊断为脑干脑炎，须结合病人病史，体检、对应辅助检查方可诊断。通常可在头颅上进行磁共振检查，若病人有脑干之病灶，经头颅磁共振检查，特别是平扫+强化检查，可在病人脑干上找到某些病灶。另外还有就是脑嵴液和血液等相关的检查和分析也非常重要，因为这些都能够对脑干脑炎做出明确的诊断。另外，需配合病人脑脊液检查，例如可采用腰椎穿刺的方法，留脑脊液作相应检查。在脑嵴液中也会有很多病毒或者蛋白成分，这些都可能导致出现脑膜炎等并发症。如病人的颅内压相对较高，细胞素相对较多，接着病人生化，特别是脑脊液有异常现象，通过检测相应抗体，并对部分细菌进行了培养，病人配合头颅磁共振之检查，它可诊断为脑干脑炎。
脑干梗死是可以改善症状的，但具体的完全治愈是很困难的，脑干梗死是脑梗死的一种，也是最严重的一种，脑干梗塞是指椎-基底动脉及其分支血管因动脉硬化、栓塞、痉挛，炎症，导致动脉狭窄或闭塞而引起的中脑、脑桥、延髓缺血，从而出现相应的神经系统症状和体征。
心肌酶学的升高，是诊断心肌梗死的一个非常重要的指标。还有心梗的患者，往往疼痛时间大于30分钟，用药之后不易缓解。满足以上3个条件中的2个条件，便应当及时的进行冠脉造影检查，明确冠脉血管是否存在严重的狭窄。
脑干出血病人存活的时间要依据状况判断，如果脑干出血精油五毫升并且呼吸循环功能都没有受到影响，一个月就可以出院，但是如果脑干出血非常量大，而且影响到了呼吸和循环，甚至是需要呼吸机辅助呼吸，存活时间就相对比较短。
这个是主要测试大脑的，脑干听觉诱发电位是一项脑干受损较为敏感的客观指标，是由声刺激引起的神经冲动在脑干听觉传导通路上的电活动，缺血缺氧性脑病患儿BAEP异常率为64.3%，语言发育障碍儿童BAEP异常率为56.6%，高胆红素血症患儿BAEP异常率为52.6%，脑瘫患儿BAEP异常率为52.4%。
